PL EN
 
1/2009 vol. 63
Pobierz cytowanie
ARDRA studies of the ribosomal RNA operon within the Desulfovibrio desulfuricans strains.
Joanna Szczerba 1
,
 
Ilona Bednarek 2
,
 
Zofia Dzierżewicz 1
 
 
 
Więcej
Ukryj
1
Department of Biopharmacy, Medical University of Silesia, Poland
 
2
Department of Biotechnology and Genetic Engineering, Medical University of Silesia, Poland
 
 
Autor do korespondencji
Joanna Szczerba   

Department of Biopharmacy Medical University of Silesia 41-200 Sosnowiec, Poland Narcyzów 1St. tel.: (+48 32) 364 10 61
 
 
Ann. Acad. Med. Siles. 2009;63:7-19
 
Artykuł (PDF)
Referencje (40)
 
SŁOWA KLUCZOWE
Desulfovibrio desulfuricans
restriction enzymes
ribotyping
sulphate-reducing
bacteria
 
STRESZCZENIE
W S T Ę P ::
Bakterie Desulfovibrio desulfuricans należą do szerokiej grupy beztlenowych bakterii redukujących siarczany (BRS), rozpowszechnionej w różnych środowiskach. Jako rezultat dysymilacyjnej redukcji siarczanów uwalniają do środowiska siarkowodór (H2 S), który wpływa cytotoksycznie na organizm ludzi i zwierząt. Wielu autorów wykazało, iż rodzaj Desulfovibrio jest dominujący u osób cierpiących z powodu wrzodziejącego zapalenia okrężnicy. Ponadto niektóre gatunki tego rodzaju odgrywają role oportunistycznych patogenów wywołując bakteriemię, infekcje w obrębie jamy brzusznej oraz wrzody.

MATERIAŁY I METODY::
Piętnaście szczepów Desulfovibrio desulfuricans (glebowych i jelitowych) hodowanych było na modyfikowanym podłożu Postgata z dodatkiem pirogronianu przez 10 dni. Po wyizolowaniu genomowego DNA tych bakterii przeprowadzono reakcje PCR w celu namnożenia fragmentu operonu rrn obejmującego geny 16S, 23S oraz odcinek zmienny pomiędzy nimi. Otrzymane amplikony poddane zostały trawieniu enzymami restrykcyjnymi (AluI, EcoRI, HaeIII, HindIII, HinfI, MboI and PstI), a otrzymane fragmenty rozdzielono w 2% żelu agarozowym.

R E Z U LTAT Y::
Przeprowadzona analiza restrykcyjna operonu rrn bakterii Desulfovibrio desulfuricans pozwoliła na otrzymanie charakterystycznych profili restrykcyjnych dla wszystkich piętnastu badanych szczepów. Uzyskane rezultaty pozwoliły uznać trzy z zastosowanych enzymów (HinfI, AluI oraz HaeIII) za odpowiednie do potwierdzenia podobieństw w obrębie operonu rrn bakterii tego gatunku. Biorąc pod uwagę profile otrzymane po trawieniu enzymami HindIII, EcoR1, możemy stwierdzić ich małą użyteczność w analizach operonu rrn gatunku Desulfovibrio desulfuricans, zaś enzym PstI w ogóle nie nadaje się do tego celu.

 
REFERENCJE (40)
1.
Boyle A., Phelps C.D., Young L.Y. Isolation from estaurine sediments ofa Desulfovibrio strain which can grow on lactete coupled to the reductive dehalogenation of 2,4,6-tribromophenol. Appl. Environ. Microbiol. 1999; 65: 1133-1140.
Google Scholar
 
 
2.
Haouari O., Fardeau M.L., Casalot L., Tholozan J.L., Hamdi M., Ollivier B. Isolation of sulfate-reducing bacteria from Tunisian marine sediments and description of Desulfovibrio bizertensis sp. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006; 56: 2909-2913.
Google Scholar
 
 
3.
Perez-Jimenez J.R., Kerkhof L.J. Phylogeography of sulfate-reducing bacteria among disturbed sediments disclosed by analysis of the dissimilatory sulfite reductase genes (dsrAB). Appl. Environ. Microbiol. 2005; 71: 1004-1011.
Google Scholar
 
 
4.
Webster G., Watt L.C., Rinna J., Fry J.C., Evershed R.P., Parkes R.J., Weightman A.J. A comparison of stable-isotope probing of DNA and phospholipid fatty acids to study prokaryotic functional diversity in sulfate-reducing marine sediment enrichment slurries. Environ. Microbiol. 2006; 8: 1575-1589.
Google Scholar
 
 
5.
Deplancke B., Hristova K. R., Oakley H.A., McCracken V. J., Aminov R., Mackie R. I., Gaskons H. R. Molecular ecological analysis of the succesio and diversity of sulfate – reducing bacteria in the mouse gastrointestinal tract. Appl. Environ. Microbiol. 2000; 66: 2166 – 2174.
Google Scholar
 
 
6.
Droge S., Limper U., Emtiazi F., Schonig I., Pavlus N., Drzyzga O., Fischer U., Konig H. In vitro and in vivo sulfate reduction in the contents of the termite Mastotermes darwiniensis and the rose-chafer Pachnoda marginata. J. Gen. Appl. Microbiol. 2005; 51: 57-64.
Google Scholar
 
 
7.
Dzierżewicz Z., Cwalina B., Gawlik B., Wilczok T., Gonciarz Z. Isolation and evaluation of susceptibility to sulphasalazine of Desulfovibrio desulfuricans strains from the human digestive tract. Acta Microbiol. Pol. 1997; 46: 175 – 187.
Google Scholar
 
 
8.
Fox J.G., Dewhirst F.E., Fraser G.J., Paster B.J., Shames B., Murphy J.C. Intracellular Campylobacter – like organism from ferrets and hamsters with proliferative bowel disease is a Desulfovibrio sp.. J. Clin. Microbiol. 1994; 32: 1229 – 1237.
Google Scholar
 
 
9.
Gibson G.R., Cummings J.H., McFarlane G.T. Growth and activities of sulphate-reducing bacteria in gut contents of healthy subjects and patients with ulcerative colitis. FEMS Microbiol. Ecol. 1991; 86: 103-112.
Google Scholar
 
 
10.
Inness V.L., McCartney A.L., Khoo C., Gross K.L., Gibson G.R. Molecular characterization of the gut microflora of healthy and inflammatory bowel disease cats using fluorescence in situ hybridisation with special reference to Desulfovibrio spp.: J. Anim. Physiol. Anim. Nutr. 2007; 91: 48-53.
Google Scholar
 
 
11.
Gibson G.R., McFarlane G.T., Cummings J. H. Occurrence of sulphate-reducing bacteria in human faeces and the relationship of dissimilatory sulphate reduction to methanogenesis in the large gut. J. Appl. Bacteriol. 1988; 65: 103-111.
Google Scholar
 
 
12.
Head K.A., Jurenka J.S. Inflammatory bowel disease. Part 1: ulcerative colitis - pathophysiology and conventional and alternative treatment options. Altern. Med. Rev. 2003; 8: 247-283.
Google Scholar
 
 
13.
Loubinoux J., Bronowicki J.P., Pereira I. A. C., Mougenel J.L., Le Faou A.E. Sulfate-reducing bacteria in human feces and their association with inflammatory bowel diseases. FEMS Microbiol. Ecol. 2002; 40: 107-112.
Google Scholar
 
 
14.
Pitcher M.C.L., Cummings J.H. Hydrogen sulphide: a bacterial toxin in ulcerative colitis? Gut. 1996; 39: 1-4.
Google Scholar
 
 
15.
Baron E.J., Bennion R., Thompson J., Strong C., Summanen P., McTeague M., Finegold S.M. A microbiological comparison between acute and complicated appendicitis. Clin. Infect. Dis. 1992; 14: 227-231.
Google Scholar
 
 
16.
La Scola B., Raoult D. Third human isolate of a Desulfovibrio sp. identical to the provisionally named Desulfovibrio fairfieldensis. J. Clin. Microbiol. 1999; 37: 3076-3077.
Google Scholar
 
 
17.
Lozniewski A., Maurer P., Schuhmacher H., Carlier J.P., Mory F. First isolation of Desulfovibrio sp. as part of a polymicrobial infection from a brain abscess. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 1999; 18: 602-603.
Google Scholar
 
 
18.
McDougall R., Robson J., Paterson D., Tee W. Bacteremia caused by a recently described novel Desulfovibrio species. J. Clin. Microbiol. 1997; 35: 1805-1808.
Google Scholar
 
 
19.
Porschen R.K., Chan P. Anaerobic vibriolike organisms cultured from blood: Desulfovibrio desulfuricans and Succinivibrio species. J. Clin. Microbiol. 1977; 5: 444-447.
Google Scholar
 
 
20.
Schoenborn L., Abdollahi H., Tee W., Dyall-Smith M., Janssen P.H. A member of the delta subgroup of proteobacteria from a pyogenic liver abscess is a typical sulfate reducer of the genus Desulfovibrio. J. Clin. Microbiol. 2001; 39: 787-790.
Google Scholar
 
 
21.
Tee W., Dyall-Smith M., Woods W., Eisen D. Probable new species of Desulfovibrio isolated from a pyogenic liver abscess. J. Clin. Microbiol. 1996; 34: 1760-1764.
Google Scholar
 
 
22.
Loubinoux J., Mory F., Pereira I.A.C., Le Faou A.E. Bacteremia caused by a strain of Desulfovibrio related to the provisionally named Desulfovibrio fairfieldensis. J. Clin. Microbiol. 2000; 38: 931-934.
Google Scholar
 
 
23.
Loubinoux J., Jaulhac B., Piemont Y., Monteil H., Le Faou A.E. Isolation of sulfate-reducing bacteria from human thoracoabdominal pus. J. Clin. Microbiol. 2003; 41: 1304-1306.
Google Scholar
 
 
24.
Shukla S.K., Reed K.D. Desulfovibrio desulfuricans bacteremia in a dog. J. Clin. Microbiol. 2000; 38: 1701-1702.
Google Scholar
 
 
25.
Olivares-Fuster O., Shoemaker C.A., Klesius P.H., Arias C.R. Molecular typing of isolates of the fish pathogen, Flavobacterium columnare, by single-strand conformation polymorphism analysis. FEMS Microbiol. Lett. 2007; 269: 63-69.
Google Scholar
 
 
26.
Schlegel L., Grimont F., Grimont P.A.D., Bouvet A. Identification of major streptococcal species rrn-amplified ribosomal DNA restriction analysis. J. Clin. Microbiol. 2003; 41: 657-666.
Google Scholar
 
 
27.
Spergser J., Rosengarten R. Identification and differentiation of canine Mycoplasma isolates by 16S-23S rDNA PCR-RFLP. Vet. Microbiol. 2007; available on line.
Google Scholar
 
 
28.
Mendoza-Espinoza A., Koga Y., Zavaleta A.I. Amplified 16S ribosomal DNA restriction analysis for identification of Avibacterium paragallinarum. Avian Dis. 2008; 52: 54-58.
Google Scholar
 
 
29.
Shkoporov A.N., Khokhlova E.V., Kulagina E.V., Smeianov V.V., Kafarskaia L.I., Efimov B.A. Application of several molecular techniques to study numerically predominant Bifidobacterium spp. and Bacteroidales order strains in the feces of healthy children. Biosci. Biotechnol. Biochem. 2008;.72: 742-748.
Google Scholar
 
 
30.
Najjari A., Ouzari H., Boudabous A., Zagorec M. Method for reliable isolation of Lactobacillus sakei strains originating from Tunisian seafood and meat products. Int. J. Food Microbiol. 2008; 121: 342-351.
Google Scholar
 
 
31.
Postgate J.R. The sulphate-reducing bacteria. 2nd ed. Cambridge United Kingdom: Cambridge University Press. 1984.
Google Scholar
 
 
32.
Garcia-Arata M.I., Gerner-Smidt P., Baquero F., Ibrahim A. PCR-amplified 16S and 23S rDNA restriction analysis for the identification of Acinetobacter strains at the DNA group level. Res. Microbiol. 1997; 148: 777-784.
Google Scholar
 
 
33.
Dzierżewicz Z., Szczerba J., Węglarz L., Komarska-Szostak A., Wilczok T. Evaluation of arbitrarily primed PCR for typing of Desulfovibrio desulfuricans strains. Microbiol. Res. 2003; 158: 1-6.
Google Scholar
 
 
34.
Dzierżewicz Z., Szczerba J., Węglarz L., Świątkowska L., Jasińska D., Wilczok T. Intraspecies variability of Desulfovibrio desulfuricans strains determined by the genetic profiles. FEMS Microbiol. Lett. 2003; 219: 69-74.
Google Scholar
 
 
35.
Fujita S., Senda Y., Iwagami T., Hashimoto T. Rapid identification of staphylococcal strains from positive-testing blood culture bottles by internal transcribed spacer PCR followed by microchip gel electrophoresis. J. Clin. Microbiol. 2005; 43: 1149-1157.
Google Scholar
 
 
36.
Rodas A.M., Ferrer S., Pardo I. 16S-ARDRA, a tool for identification of lactic acid bacteria isolated from grape must and wine. Syst. Appl. Microbiol. 2003; 26: 412-422.
Google Scholar
 
 
37.
Vaneechoutte M., Riegel P., de Briel D., Monteil H., Verschraegen G., De Rouck A., Claeys G. Evaluation of the applicability of amplified rDNA-restriction analysis (ARDRA) to identification of species of the genus Corynebacterium. Res. Microbiol. 1995; 146: 633-641.
Google Scholar
 
 
38.
De Baere T., Mendonca R., Claeys G., Verschraegen G., Mijs W., Verhelst R., Rottiers S., Simaey L., Ganck C.D., Vaneechoutte B.M.C. Evaluation of amplified rDNA restriction analysis (ARDRA) for the identification of cultured mycobacteria in a diagnostic laboratory. Microbiol. 2002; 2: 4-15.
Google Scholar
 
 
39.
Katoch V.M., Parashar D., Chauhan D.S., Singh D., Sharma V.D., Ghosh S. Rapid identification of mycobacteria by gene amplification restriction analysis technique targeting 16S-23S ribosomal RNA internal transcribed spacer & flanking region. Indian J. Med. Res. 2007; 125: 155-162.
Google Scholar
 
 
40.
Kur J., Lewandowski K., Krawczyk B., Samet A. Phylogeny of Acinetobacter genus. Adv. Microb. (in polish). 2000; 39: 291 – 301.
Google Scholar
 
 
Udostępnij
Wyślij mailem
Indeksy
 
Indeks słów kluczowych
Indeks dziedzin
Indeks autorów
eISSN:1734-025X
Journals System - logo


© 2006-2024 Journal hosting platform by Bentus
Scroll to top